qPCR实验中经常忽略的实验细节?你有被cue了吗?(qpcr实验步骤详细)


qPCR实验中经常忽略的实验细节?你有被cue了吗?(qpcr实验步骤详细)

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实时荧光定量PCR ( qPCR )实验中,每一个细节都可能影响结果的准确性和可靠性。然而,在忙碌的实验过程中,我们往往会忽略一些看似微不足道但至关重要的步骤。今天,就让我们一起回顾那些常被cue到但又常被忽略的实验细节吧!

qPCR实验中经常忽略的实验细节?你有被cue了吗?(qpcr实验步骤详细)
RNA提取与质量检测
(1) RNA完整性: 提取后的RNA首先要检测其完整性。琼脂糖凝胶电泳是常用方法,观察28S、18S及5S RNA条带是否清晰,28S条带强度是否约为18S的两倍。 有兴趣的朋友可以浏览《 不跑电泳就谈RNA质量好坏的,都是耍流氓! 》。 另外,使用Agilent BioAnalyzer检测RIN值,虽成本高但更准确。
(2) RNA产量: 使用Nanodrop等仪器准确评估RNA产量,确保后续实验顺利进行,小编在这篇文章( 实验技能 | 第二期:常见核酸(RNA)提取和纯化的方法 )中系统的介绍了RNA提取过程。
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去除基因组DNA污染
DNase处理: RNA中的基因组DNA污染可能导致PCR假阳性。使用DNase处理RNA是简单有效的方法,确保逆转录前RNA的纯净。

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逆转录引物的选择
引物类型: 根据实验需求选择合适的逆转录引物,如oligo dT、随机引物或基因特异性引物。混合使用oligo dT和随机引物可提高逆转录效率。
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qPCR反应体系配制

(1) 避免污染: 使用新的、无污染的枪头和离心管,避免交叉污染。

(2) 试剂保存: 含有SYBR Green等荧光染料的试剂应避光保存,防止荧光淬灭。另外,不同的qPCR仪器匹配不同的qPCR试剂,例如ABI 7500需要含Low ROX染料的qPCR试剂, ABI 7000需要含High ROX染料。详细可浏览这篇文章《 一文读懂常规PCR?多重PCR?多重qPCR?“全家桶”大合集来袭(技术支持必备) 》。
(3) 引物浓度: 优化引物浓度,通常在0.1-0.4μM之间,起始推荐使用0.3μM/each。

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反应条件优化
(1) 退火温度: 根据引物Tm值优化退火温度,确保特异性扩增。

(2) Mg²⁺浓度: Mg²⁺浓度影响DNA聚合酶活性,需根据具体实验调整。现在商品化SYBR qPCR mix中的 Mg²⁺浓度都 是调整好的,除非有特殊需求才需要根据具体实验调整Mg²⁺浓度。

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实验设置与数据分析

(1) 设置阴性对照: 以PCR水替代模板设置阴性对照,排除模板污染造成的假阳性。另外,可以通过这篇文章了解一些qPCR实验的名词解释《 qPCR实验中的阳性对照,阴性对照,目标样本,NTC和NRT的概念 》。

(2) 阈值设置: 合理设置荧光阈值,确保Ct值准确反映起始模板数量。

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(3) 标准曲线: 绘制标准曲线,确保扩增效率在90-110%之间,相关系数R²大于0.98。
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避免非特异性扩增

(1) 引物设计: 引物设计应避免互补序列,3’端避免连续三个以上的G或C。可以通过这篇文章了解引物设计 干货 | NCBI/Oligo 7/primer 5 三种方法进行PCR引物设计教程 》。

(2) 优化PCR程序: 若熔解曲线出现杂峰,考虑将两步法更换为三步法或重新设计引物。
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仪器校准与维护
(1) 定期校准: 定期校准qPCR仪器,确保数据准确可靠。
(2) 移液器精度: 使用高精度移液器,减少加样误差。如何校准移液器的精度可以浏览这篇文章 手把手教你,移液器校准》
在qPCR实验中,每一个细节都至关重要。希望今天的分享能让大家更加重视这些常被忽略的实验细节,从而获得更加准确、可靠的实验结果。你,被cue到了吗?赶紧行动起来,优化你的qPCR实验吧!

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